تبار کوروش از جانب پدرش به پارس ها می رسد که برای چند نسل بر "انشان" (شمال خوزستان کنونی), در جنوب غربی ایران, حکومت کرده بودند. کوروش درباره خاندانش بر سفالینه استوانه شکلی محل حکومت آن ها را نقش کرده است. بنیادگذار سلسله هخامنشی, شاه هخامنش انشان بوده که در حدود 700 می زیسته است. پس از مرگ او, چیش پیش انشان به حکومت رسید. چیش پیش نیز پس از مرگش توسط دو نفر از پسرانش کوروش اول انشان و آریارمنس فارس در پادشاهی دنبال شد.

سپس پسران هر کدام, به ترتیب کمبوجیه اول انشان و آرشام فارس, بعد از آن ها حکومت کردند. کمبوجیه یکم با شاهدخت ماندانا (دختر ایشتوویگو پادشاه قبیله ماد و شاهدخت آرینیس لیدیه) ازدواج کرد و کوروش بزرگ نتیجه این ازدواج بود. 

تاریخ نویسان باستانی از قبیل هرودوت, گرنفون و کتزیاس درباره چگونگی زایش کوروش اتفاق نظر ندارند. اگر چه هر یک سرگذشت تولد وی را به شرح خاصی نقل کرده اند, اما شرحی که آن ها درباره زایش کوروش ارائه داده اند, بیشتر شبیه افسانه می باشد. تایخ نویسان نامدار زمان ما همچون ویل دورانت و پرسی سایکس, و حسن پیرنیا شرح چگونگی زایش کوروش را از هرودوت برگرفته اند. 

بنا به نوشته هرودوت, ایشتوویگو شبی خواب دید که از دخترش آنقدر آب خارج شد که همدان و کشور ماد و تمام سرزمین آسیا را غرق کرد. ایشتوویگو تعبیر خواب خویش را از مغ ها پرسش کرد. آن ها گفتند از او فرزندی پدید خواهد آمد که بر ماد غلبه خواهد کرد. این موضوع سبب شد که ایشتوویگو تصمیم بگیرد دخترش را به بزرگان ماد ندهد, زیرا می ترسید که دامادش مدعی خطرناکی برای تخت و تاج او بشود. 

بنابر این ایشتوویگو دختر خود را به کمبوجیه اول به زناشویی داد.


ماندانا پس از ازدواج با کمبوجیه باردار شد و شاه این بار خواب دید که از شکم دخترش تاکی رویید که شاخ و برگ های آن تمام آسیا را پوشانید. پادشاه ماد, این بار هم از مغ ها تعبیر خوابش را خواست و آن ها اظهار داشتند, خوابش آن است که از دخترش ماندانا فرزندی بوجود خواهد آمد که بر آسیا چیره خواهد شد. ایشتوویگو به مراتب بیش از خواب اولش به هراس افتاد و از این رو دخترش را به حضور طلبید. دخترش به همدان نزد وی آمد. پادشاه ماد بر اساس خواب هایی که دیده بود از فرزند دخترش سخت وحشت داشت, پس زاده دخترش را به یکی از بستگانش هارپاگ, که در ضمن وزیر و سپهسالار او نیز بود, سپرد و دستور داد که کوروش را نابود کند.

هارپاگ طفل را به خانه آورد و ماجرا را با همسرش در میان گذاشت. در پاسخ به پرسش همسرش راجع به سرنوشت کوروش, هارپاگ پاسخ داد وی دست به چنین جنایتی نخواهد آلود, چون یکم, کودک با او خوشایند است. دوم, چون شاه فرزندان زیاد ندارد دخترش ممکن است جانشین او گردد, در این صورت معلوم است شهبانو با کشنده فرزندش مدارا نخواهد کرد. پس کوروش را به یکی از چوپان های شاه به نام  میترادات (مهرداد) داد و از او خواست که وی را به دستور شاه به کوهی در میان جنگل رها کند تا طعمه ددان گردد.

چوپان کودک را به خانه برد. وقتی همسر چوپان به نام سپاکو از موضوع باخبر شد, با ناله و زاری به شوهرش اصرار ورزید که از کشتن کودک خودداری کند و به جای او, فرزند خود را که تازه زائیده و مرده به دنیا آمده بود, در جنگل رها سازد. مهرداد شهامت این کار را نداشت, ولی در پایان نظر همسرش را پذیرفت. پس جسد مرده فرزندش را به ماموران هارپاگ سپرد و خود سرپرستی کوروش را به گردن گرفت.

روزی کوروش که به پسر چوپان معروف بود (شاید به همین دلیل برخی معنی نام کوروش را پسر چوپان می دانند), با گروهی از فرزندان امیرزادگان باری می کرد. آن ها قرار گذاشتند یک نفر را از میان خود به نام شاه تعیین کنند و کوروش را برای این کار برگزیدند. کوروش هم بازی های خود را به دسته های مختلف بخش کرد و برای هر یک وظیفه ای تعیین نمود و دستور داد پسر آرتم بارس, را که از شاهزادگان و سالاران درجه اول پادشاه بود و از وی فرمانبرداری نکرده بود تنبیه کنند. پس از پایان ماجرای, فرزند آرتم بارس به پدر شکایت برد که پسر یک چوپان دستور داده است وی را تنبیه کنند. پدرش او را نزد ایشتوویگو برد و دادخواهی کرد که فرزند یک چوپان پسر او را تنبیه و بدنش را مضروب کرده است. شاه چوپان و کوروش را احضار کرد و از کوروش سوال کرد: "تو چگونه جرات کردی با فرزند کسی که بعد از من دارای بزرگترین مقام کشوری است, چنین کنی؟" کوروش پاسخ داد: "در این باره حق با من است, زیرا همه آن ها مرا به پادشاهی برگزیده بودند و چون او از من فرمانبرداری نکرد, من دستور تنبیه او را دادم, حال اگر شایسته مجازات می باشم, اختیار با توست."

ایشتوویگو از دلاوری کوروش و شباهت وی با خودش به اندیشه افتاد. در ضمن بیاد آورد, مدت زمانی که از رویداد رها کردن طفل دخترش به کوه می گذرد با سن این کودک برابری می کند. بنابراین آرتم بارس را قانع کرد که در این باره دستور لازم را صادر خواهد کرد و او را مرخص کرد. سپس از چوپان هویت طفل مذکور پرسش هایی به عمل آورد. چوپان پاسخ داد: "این طفل فرزند من است و مادرش نیز زنده است." اما شاه نتوانست گفته چوپان را قبول کند و دستور داد زیر شکنجه واقعیت امر را از وی جویا شوند.

چوپان در زیر شکنجه وادار به اعتراف شد و حقیقت امر را برای ایشتوویگو آشکار کرد و با زاری از او بخشش خواست. سپس ایشتوویگو دستور به احضار هارپاگ داد و چون چوپان را در حضور پادشاه دید, موضوع را حدس زد و در برابر پرسش ایشتویگو که از او پرسید: "با طفل دخترم چه کردی و چگونه او را کشتی؟" پاسخ داد: "پس از آن که طفل را به خانه بردم, تصمیم گرفتم کاری کنم که هم دستور تو را اجرا کرده باشم و هم مرتکب قتل فرزند دخترت نشده باشم."

کوروش در دربار کمبوجیه اول خو و اخلاق والای انسانی پارس ها و فنون جنگی و نظام پیشرفته آن ها را آموخت و با آموزش های سختی که سربازان پارس فرا می گرفتند پرورش یافت.